Die anerkannte medizinische Anwendung der Kümmelfrüchte ist die innerlich Behandlung bei dyspeptischen Beschwerden wie leichte, krampfartige Magen-Darm-Beschwerden, Völlegefühl und Blähungen. Kümmelöl ist als traditionelles pflanzliches Arzneimittel eingestuft.
Darüberhinausgehende volksmedizinische Verwendungen sind die Gabe als milchtreibendes Mittel bei Stillenden und zur Förderung der Menstruation.
Zudem beinhaltet der Kümmel eine hohe Menge an Ballaststoffen. Ballaststoffe binden Darmgifte an sich und bringen sie zur Ausscheidung.