Die anerkannte medizinische Anwendung von Thymian ist die innerliche Verwendung bei Symptomen der Bronchitis und des Keuchhustens und bei Katarrhen der oberen Luftwege. Äusserlich bei Entzündungen der Mundschleimhaut und gegen Mundgeruch. Nebenwirkungen von Thymian und Thymianprodukten sind sehr selten.
Der Thymian hat einen stark aromatischen Geruch und wirkt antibakteriell, appetitanregend, auswurffördernd, krampflösend, menstruationsregulierend, verdauungsfördernd, windtreibend und wurmtreibend.
Der Thymian ist eines der besten Mittel der Volksmedizin gegen Husten verschiedener Art. Ausserdem wird er bei Infektionen der Atemwege, des Magen-Darm-Traktes , der Harnwege und der Nieren eingesetzt. Ferner bei Kopfschmerzen und als Wurmmittel. Ein Thymian-Tee hilft auch gut gegen den "Kater".
Äußerlich wird er zur Wundbehandlung und als desinfizierendes Mundwasser eingesetzt. Ausserdem wird das Thymianöl bei rheumatischen Beschwerden eingerieben.
Thymian und Extrakte aus ihm sind Bestandteile von vielen Fertigarzneimitteln gegen Erkältungskrankheiten und Magentees.
Aufgrund seines Aromas und der verdaungsfördernden Wirkung eignet sich der Thymian zum Würzen von verschiedenen Speisen: zum Beispiel von Fleischgerichten, Füllungen, Gemüse, Soßen und Pilzgerichten. Er wird auch zur Herstellung von Kräuterölen und Kräuterbittern verwendet.